<div dir="ltr"><div>Dear Xinjie Cao, <br></div><div><br></div><div>Thanks for the response. I run the bash script which is given in the benchmark archive (<a href="http://www.castor-project.org/files/castor/castor_2.0/castor_benchmark_v2_pet_histogram.zip">PET benchmark histogram</a>) <br></div><div>downloaded from the official CaSToR website:<br></div><div><a href="http://www.castor-project.org/benchmarksv2">http://www.castor-project.org/benchmarksv2</a></div><div><br></div><div>I just attach the bash script which I run, tell me if this helps.  <br></div><div><br></div><div>Best, <br></div><div>Fedor<br></div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">сб, 4 июл. 2020 г. в 07:18, Xinjie Cao <<a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu">xinjie.cao@stonybrook.edu</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Fedor,<div><br></div><div>Would you mind sending your CASToR recon command with your question? That will make it easy to help you.</div><div><br></div><div>Best</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jul 3, 2020 at 6:00 PM Fedor Goncharov <<a href="mailto:fedor.goncharov.ol@gmail.com" target="_blank">fedor.goncharov.ol@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hello everyone and CasToR team, <br></div><div><br></div><div>I am just a beginner for using CasToR, so I have a simple question <br></div><div>(maybe there is a better mailing list for my question). </div><div><br></div><div>I have CasTOR v.2.1, compiled with a Make file under Linux Mint <br></div><div>with an MPI flag. I try to run a benchmark PET-benchmark-histogram v2, <br></div><div>and I get the following error:</div><div style="margin-left:40px"><br></div><div style="margin-left:40px">==============================================================================================<br>Reconstruction is going on. Should take from one to several minutes depending on the hardware.<br>==============================================================================================<br>sOutputManager::InitOutputDirectory() -> Output path is 'benchmark_pet_histogram_challenger'<br>castor-recon() -> Launch reconstruction from CASToR version 2.1.<br>sScannerManager::BuildScannerObject() -> Start building<br>sScannerManager::InstantiateScanner() -> Instantiate the scanner geometry structure<br>iScannerPET::Instantiate() -> Create scanner structure and read parameters from configuration file<br>sScannerManager::GetGeometricInfoFromDataFile() -> Look for acquisition specific settings into datafile header<br>sScannerManager::BuildLUT() -> Generate the geometric Look-Up Table<br>iScannerPET::BuildLUT() -> Build LUT for scanner elements coordinates and orientations<br>sScannerManager::Initialize() -> From scanner PET_GE_SIGNA_PET-MR<br>iScannerPET::Initialize() -> Initialize remaining stuff for scanner to be ready<br>***** oImageDimensionsAndQuantification::CheckParameters() -> Should provide a strictly positive number of threads !<br>***** The following error message was issued by MPI instance 0<br>***** castor-recon() -> A problem occurred while checking image dimensions parameters !<br>***** Exit function called. Abort with code 1.<br><br>==============================================================================================<br>Check benchmark results (compare reconstructed image with the reference one)<br>==============================================================================================<br>***** Input header file 'benchmark_pet_histogram_challenger_it2.hdr' is missing or corrupted !</div><div><br></div><div>Could one help to find the reason for this error and how to fix it? <br></div><div>I am not sure that MPI is really on. is there is a command to check with witch flags my CasToR <br></div><div>compiled? <br></div><div><br></div><div>Best, <br></div><div>Fedor<br></div><div><br></div></div>
_______________________________________________<br>
Castor-users mailing list<br>
<a href="mailto:Castor-users@lists.castor-project.org" target="_blank">Castor-users@lists.castor-project.org</a><br>
<a href="http://lists.castor-project.org/listinfo/castor-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.castor-project.org/listinfo/castor-users</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b><br></div><div><b><span style="color:rgb(153,0,0);font-family:"arial black",sans-serif;font-size:x-small">Xinjie Cao</span></b><br></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">M.E. / Ph.D. student</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Research Project Assistant</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Department of Electrical and Computer Engineering & Radiology </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Novel Medical Imaging Technologies Lab</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Health Science Center Level 8</font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Stony Brook, NY 11794-8460 </font></b></div><div><b><font size="1" face="arial black, sans-serif">Tel: +1 (631)202-9445</font></b></div><div><a href="https://you.stonybrook.edu/goldan/people/" target="_blank">you.stonybrook.edu/goldan/people/</a><b><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></b></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><b>email: </b><a href="mailto:xinjie.cao@stonybrook.edu" target="_blank"><b>xinjie.cao@stonybroo</b>k.edu</a></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"><br></font></div><div><font size="1" face="arial black, sans-serif"> </font><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=12iMPAuaMtpKRdkcmBleVsP6iWiM4wlm_&revid=0B_TLWOu4jP1eWnFFRW9qQXlicTY3ZTVzWnR5QkRVY3RRT3JVPQ" width="200" height="28">   <img src="https://drive.google.com/a/stonybrook.edu/uc?id=17TB1Ha3enD8HC5e_Ez238vpeBF92aCgH&export=download" width="200" height="33"></div><div><div><b><font color="#000000">....................................................</font></b></div><div>It is prohibited to distribute or publish the files attached to any other people unless you get permission from the writer himself. All rights reserved.</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
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