
<html>


<head>


<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">


</head>


<body>


<div dir="auto">Hi,


<div dir="auto"><br>


</div>


<div dir="auto">Yes likely multiple problems.</div>


<div dir="auto"><br>


</div>


<div dir="auto">You should provide details about your detector in order to be able to understand the choice of some parameters.</div>


<div dir="auto"><br>


</div>


<div dir="auto">Why 64 itérations with 128 subsets ?! A rule of thumb without TOF would be to have a maximum number of subsets equal to the number of crystals in a ring divided by 16 to 20. Then, without any post-smoothing or regularization, aim for a maximum


 of 50 to 100 updates (i.e. iterations x subsets). For your first reconstructions, consider including a post-smoothing.</div>


<div dir="auto"><br>


</div>


<div dir="auto">Voxels of 1mm^3 ? Is you scanner for small animals ? Otherwise, for a first reconstruction, aim for voxels with their side equal to the crystal width.</div>


<div dir="auto"><br>


</div>


<div dir="auto">Finally, in a second step, you should consider including a normalization correction. There are already many discussions about that in the forum.</div>


<div dir="auto"><br>


</div>


<div dir="auto">For your first reconstructions with Gate simulated data, I would also recommend to include only true coincidences.</div>


<div dir="auto"><br>


</div>


<div dir="auto">Best</div>


<div dir="auto">Simon</div>


<br>


<div class="gmail_extra" dir="auto"><br>


<div class="gmail_quote">Le 12 avr. 2024 21:02, Dimitrios Thanasas <dthanas@uoa.gr> a écrit :<br type="attribution">


<blockquote class="quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<div><font size="2"><span style="font-size:10pt">


<div>Dear CASTOR-users,<br>


<br>


I simulate a simple PET ECAT system using GATE (V8.2 - I couldn't install<br>


CASTOR on version 9 or later).<br>


I simulated an orthogonal parallelepiped source (xlength:5 mm, ylength:1<br>


mm, zlength:10 mm).<br>


According to the guidelines, I have used castor-GATEMacToGeom to generate<br>


the geom file and castor-GATERootToCastor to create the Cdh and Cdf files.<br>


Then I ran the command<br>


castor-recon -df ecat_df.Cdh -opti MLEM -it 64:128 -dim 64.,64.,64. -vox<br>


1.,1.,1. -dout myimages1<br>


after the termination of the reconstruction I get the attached image.<br>


<br>


I see something like circles in transverse1 plane instead of a orthogonal<br>


plane as I am expected. In coronal1 and sagital1 planes look like a slice<br>


to appear as I am expected but I think the images have few points. My GATE<br>


output root file includes 862000 coincidences.<br>


Is there something wrong with the reconstruction?<br>


<br>


Any help will be appreciated,<br>


Best regards,<br>


Dimitris</div>


</span></font></div>


</blockquote>


</div>


<br>


</div>


</div>


</body>


</html>